Rukovođenja Univerzitetom je povjereno rektoru kojeg, tajnim glasanjem, bira Senat. Rektori se biraju na mandatni period od četiri godine sa mogućnošću ponovnog izbora. U višedecenijski dugoj historiji obrazovanja nekih od najznačajnijih ličnosti Hercegovine, Univerzitetom je rukovodili:
![2018 - 2022](/media/1112/dr-elvir-zlomusica.jpg)
2018 - 2022
Dr. Elvir Zlomušica
![dr. Sead Pasic](/media/1122/10-sead-pasic.png)
2012 - 2018
Dr. Sead Pašić
![dr. Fuad Catovic](/media/1119/7-fuad-catovic.png)
2011 - 2011
Dr. Fuad Ćatović
![Ahmed Dzubur](/media/1121/9-ahmed-dzubur.png)
2010 - 2011
Dr. Ahmed Džubur
![Dr. Suzana Bubic](/media/1120/8-suzana-bubic.png)
2008 - 2010
Dr. Suzana Bubić
![Dr. Fuad Catovic](/media/1119/7-fuad-catovic.png)
2004 - 2008
Dr. Fuad Ćatović
![Dr. Elbisa Ustamujic](/media/1118/6-elbisa-ustamujic.png)
2002 - 2004
Dr. Elbisa Ustamujić
![Dr. Mustafa Selimovic](/media/1117/5-mustafa-selimovic.png)
1996 - 2002
Dr. Mustafa Selimović
![Dr. Kreim Slipicevic](/media/1116/4-kerim-slipicevic.png)
1994 - 1996
Dr. Kerim Slipičević
![Dr. Berislav Blazevic](/media/1115/3-berislav-blazevic.png)
1986 - 1991
Dr. Berislav Blažević
![Dr. Emir Humo](/media/1114/2-emir-humo.png)
1980 - 1985
Dr. Emir Humo
![Dr. Bela Ler](/media/1113/1-bela-ler.png)
1977 - 1979