Rukovođenja Univerzitetom je povjereno rektoru kojeg, tajnim glasanjem, bira Senat. Rektori se biraju na mandatni period od četiri godine sa mogućnošću ponovnog izbora. U višedecenijski dugoj historiji obrazovanja nekih od najznačajnijih ličnosti Hercegovine, Univerzitetom je rukovodili:
2018 - 2022
Dr. Elvir Zlomušica
2012 - 2018
Dr. Sead Pašić
2011 - 2011
Dr. Fuad Ćatović
2010 - 2011
Dr. Ahmed Džubur
2008 - 2010
Dr. Suzana Bubić
2004 - 2008
Dr. Fuad Ćatović
2002 - 2004
Dr. Elbisa Ustamujić
1996 - 2002
Dr. Mustafa Selimović
1994 - 1996
Dr. Kerim Slipičević
1986 - 1991
Dr. Berislav Blažević
1980 - 1985
Dr. Emir Humo
1977 - 1979